中央教团的应手：清君侧、清算约法与教法改制
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面对教皇的合法性挑战，中央教团以三件事回应：把出走定性为受蒙蔽并号召“清君侧”；把约法定性为“希联化”并清算其精神；颁布《启示录国教法》并取消民选教士。此后的圣人班底调整、史官更换与教法修订，都是这一应对的延续。
教团对出走的宣传口径是“清君侧”与“诸神庇佑的神圣国度”（轮次 4）；对约法的口径是“希联化”倾向、“对神的大不敬”、放任诸神赐予人类的灵知被“堕落的民主幻觉”滥用，并自称“进盟建国精神”的真正继承者（轮次 12）。制度上，中央教团取消民选教士、改设监理会，又因民选教士的抗议与部分圣人的参与而颁布第一修正案，以教法考与教生制度吸纳抗议（轮次 10）。
整肃同时落在人的身上。元一为第七圣人编号安排了史官的责任，上一任史官因渊与教团决裂时秉笔直书被元一处决，之后让目睹全程的现第七圣人接替（轮次 27）。第七圣人在平行剧情线中申请全程记录战争从而避免直接参战，在目睹诸圣人以多胜少、借助原绘经验击败渊后挥墨写下并同时念出：“某年某日，我教团诸圣人秉承着荣誉和勇气，用弱小的少数战胜了教皇那顽固而强大的少数！”被元一品出讽刺之意而指责后，他一把鼻涕一把泪地说道“我万万没有诋毁之意，这是事实！战胜教皇的确是众圣人的荣耀！”令众人哑口无言（轮次 21）。
教团还把修经与教史当作重建合法性的工程：颁布《启示之书》，博采古往今来各教经文为“监护”理念服务，在神学院设立释经相关专业并赋予极高优先度（轮次 13）；第七圣人受命编纂教史与教经，通过“订正”历史与编纂便于念诵解读的教经恢复民众信任（旧册《黑柩人物介绍新》）。