征讨教皇与“渊的受难”（平行剧情线）

该线的起点是帝国与进盟关系的裂痕。进盟为了“伊甸园计划”不惜向全世界宣战，由于窃取了帝国的核技术，与帝国形成对等威慑而不再畏惧帝国，破除了与帝国的同盟；帝国先前由于希望将侵略教团国的领土同化而拒绝使用原本由自己垄断的核武器，在进盟窃取核技术后畏惧核武使用，拒绝打破核威慑，选择寻求合作；帝国与希联签订长期和平条约，同时发现自己与中央教团的意识形态相似性以及反进盟的共同立场，冰释前嫌结为同盟，共同向进盟宣战，退还了部分领土并与中央教团结盟清剿教团国劳动党和承罪学社；希联将原本用于援助全教团国抵抗侵略的国际纵队调整为只援助劳动党和承罪学社，国际纵队潜入村社与合作者同吃同住，但希联为遵守条约未能直接限制帝国。在帝国和中央教团联合围剿、AI 为代表的计算科技和中央教团魔法的合作攻势下，劳动党和承罪学社最终被打败，希联国际纵队、劳动党游击队员、承罪学者乃至村社公民们为了革命战斗到了最后一刻；渊拒绝使用死者和俘虏作为黑魔法祭品的提议，率领承罪学社最后的力量顽强抵抗。昭战死，舜被渊的善意谎言欺骗，杀出一条血路却没等到渊与他接应，被希联接应者带离；渊因为无力与多位圣人的联合抗衡被击败，因为不死之身被反复的被杀和复活折磨，最终原绘向众圣人传递了她谋杀渊的经验，众圣人将渊的精神锁在了“幻象”当中，肉体则锁在了重力的囚笼当中，原绘终于完成了她一直以来想对渊实施的完美谋杀（轮次 18）。
各圣人的结局是：第十二圣人冒险归来才得知渊的死讯，悲痛欲绝，又收到舜的消息，一番刺激之下决定挑战杀害渊的众圣人，在展现自己在冒险过程中积攒的战斗能力和意志后牺牲；第五圣人没有参战，完成了身体宝石化，消失在众人的视线当中，有人说她可能伪装成了其他身份，后来她出现在了渊的受难处并为其默哀；第七圣人旁观了战争，记载了渊和众圣人决斗的事迹，客观地记述了渊的神勇和众圣人的以多胜少，被元一圣人威胁后藏起记录另写了一版美化圣人们的行为；第九圣人在讨伐渊时成为前锋，但在渊即将下死手时退缩，战争结束后四处散播谣言诋毁渊，推动废除渊的荣誉议程，还多次来渊的受难处进行羞辱，驱散甚至杀伤前来悼念的民众；第十圣人接过了退缩的第九圣人前锋的位置，并死于渊的手上，用自己的牺牲为众圣人击败渊创造了条件；元一圣人了解了渊不死的秘密（神赐），开始和三柱圣人合作讨论神降的可能；二极圣人在战争开始时便潜伏了起来，后来甚至拒绝参与圣人会议，害怕被舜发现行踪；舜在战争期间想重返战场，但希联接应者遵从教皇遗嘱限制其自由，直到结束才将其送回教团国，此后他成为了渊的守墓人，多次击退第九圣人等敌人对受难处的搅扰（轮次 18）。
第八圣人则未能像第十二圣人一样以长期冒险名义成功拒绝参战，但他向第五圣人求助，学到了她隐匿踪迹的方法，最终没有参战（轮次 19）。渊死后，第五圣人、第七圣人和第八圣人长期拒绝参会，三人忙于自身事务（修炼、教经和教考），并暗中与舜和希联打交道，观察抵抗联盟与教团和帝国的联盟力量悬殊（轮次 19）。第七圣人与第八圣人跟随第五圣人一同去哀悼渊，第七圣人在渊的受难处面前久久不语，写下“伟大的启示录国教皇因其信仰殉道于此”（轮次 21）。
诸圣人在战前与战中的语录，构成本线的另一层记录。元一：“（会上）看来我们的意见达成一致，此事已成。为了诸神的启示得到贯彻。”二极：“（对舜，舜跟随渊离开前夕）可以，我当然可以帮你隐瞒这件事，你不用威胁我。徒儿学成了，不理解师父的用心，我也只能慢慢习惯（悲伤）……我只是不理解，放着大好前景不要，教皇陛下为何要出走？”三柱：“（对暗线）还是老规矩，一旦暴露，不要活着回来见我，否则你们的家人就要代替你们牺牲。”舜：“（会上）教义的第一条是天赋人权，完人会的理想也是为了所有人服务，毫无疑问，教皇陛下是正确的，而你们只是一群自私自利的酒囊饭袋之徒。”第五：“（会上，笑，恭维）宝石化？我可比不了元一圣人，伟大的元一圣人已经将全身致密化，这可是神才做得到的事！”“（向渊默哀）陛下，您曾说过您想归隐，我也一样。我已经累了。”第七：“（会上，摇头晃脑）阴阳相生相克，此乃自然之理。所谓诸神，亦即自然。所以各位的提议也是自然之理。”第八：“（对渊）您的提议非常好，学生谨记于心，但眼看来不现实，他们一定会否决的，这会有损您的威信。”第九：“（讨伐渊时）教皇，你以为你是个什么东西！不死的魔女罢了！你比世上一切人类都危险！”“（亵渎渊受难处时）替魔女守墓，你们也是反人类的异端！”第十：“（讨伐渊时，死于渊之手的遗言）人各有志。我只是认为你错了，陛下。”第十二：“（替渊报仇时）好啊！教皇陛下只是希望能有一隅安宁之地实现自己的主张，你们连这点权利都不肯给她吗？那你们之前假惺惺装出来的同情和理解有什么意义？以多胜少，这就是教士的荣誉吗？一起上吧，你们这群懦夫！”（轮次 21）