抵抗联盟与教团政体更替（平行剧情线）

抵抗联盟的形成有一条清晰的前史：第十一圣人提出以黑魔法千里之外咒杀帝国议会贵族、每杀一人需牺牲上万祭品形成“灵魂链条”的方案后，第五圣人出使帝国，威胁俾斯麦“教团仍有最后手段”，帝国出于与希联的和平考虑（恐惧两线开战和希联实力）放走了她。出使希联时，第五向希联方面传递了教团本不打算向希联传递的所有军事情报（包括绝密），这使得希联得以评估出自己出手足以颠覆教团国政权的可能。希共对颠覆他国政权十分犹豫，但第五痛陈利害，向希共阐述了教团在国内所有的失败实践以及她观察到的社会事实，阐明了自己的决心——“教皇已死，一切依旧如此，我已经无法再忍耐了”，最终与希共约定了组建抵抗联盟的相关事宜。与此同时，第五、第七和第八与舜私下接触，开始了抵抗联盟的组建。补录第十在全国民众面前完成了庄严的献祭，以十几万人的性命为代价杀死了多名最高级别的帝国议员，之后以“追随恩师”为名将自己也献为祭品，结束了仪式。帝国议会威胁俾斯麦和谈，否则就将其核心销毁；俾斯麦派出自己所有的子网率领支持她的自由民冲出边境，组建了帝国最精锐的非奴隶部队来夺取“阳光下的土地”，向自由民们发表了最后的演讲，坦然面对了被销毁核心的命运。这之后，机皇接手政权，宣布暂时停战，希联得以介入，新的国际纵队与教团国内反对派（包括舜、正式加入的第五、隐匿的第八和潜伏的第七）正式组成抵抗联盟向日光市进军，消灭了剩余的教团派势力（轮次 30）。
抵抗联盟胜利后的处置是：逼迫二极妥协后消灭元一和三柱，并消灭补录第九圣人、补录第十圣人、第十一圣人（第四由于二极犹豫不决未补录，第十二由于元一下令未补录，第十三编号被除席不得补录）等顽固派；二极、第六圣人、第七圣人（实为潜伏）望风而降；建立教团和世俗政府合作体制，落实了《临时约法》中大部分内容，之后第五圣人归隐、第七圣人和第八圣人继续主持教经和教考工作（轮次 19）。第七圣人则在此前宣布“工作完成”开始参会，实则详细记录其他圣人言行（轮次 19）。
第六圣人在抵抗联盟胜利后接受采访时给出了自己的辩解与立场，其原文是：“我是一个将教士荣誉放在首位的人。所谓教士荣誉，就是要尊重教团体制，以大局为重。教皇陛下与教团内部的某些人不和，本是正常现象，但某些为祸之人将教团内部矛盾扩大，导致教皇不得不离开教团权力中心，和其他势力合作。我是在乎教士荣誉的，我要作为一个教士维护我的荣誉，教皇对教团不信任，虽然有其原因，在当时的我看来依然是对教团的背叛，我做出了我的选择，我不后悔。我个人是赞成教皇的多元化理念的，只是劳动党等地方势力没有等待教团落实约法精神的耐心，自行谋叛，实在怪不得教团。不过即便教皇选择与他们合作，也将抵抗帝国和进盟侵略放在首位，我建议过教团授予承罪学社和劳动党正当性，给他们封个番号，一致抗敌，但教团不听从，还选择与帝国合作共同陷害教皇，这实在是涉及我的底线了。我不能认同教团谋杀自己的教皇，我没有参与。总之，我理解教皇的选择，也理解当初教团的选择，但教团中的某些人选择舍弃教士荣誉，以多欺少，令亲者痛仇者快，落得如今下场实属咎由自取。”（轮次 22）