黑旗总部（总部派、教士派）
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黑旗总部成员以“总部派”和“教士派”为主，也有其他成员组织愿意承担总部工作。总部的主要利益是维护黑旗的存在和扩大，以及反右翼立场的纯洁性。
“总部派”是指以黑旗总部为归属的无成员组织个人或小队，蛛眼小队可以视为“总部派”一员；“教士派”是指守护总部的教士们，有的教士自发向往黑旗理念，更多的教士是为了代表教团在黑旗中维持影响，好利用黑旗达到对抗帝国等敌人的目的。黑旗总部的利益主要是维护黑旗的存在和扩大，以及反右翼立场的纯洁性。黑旗总部发挥维持纯洁性的典型例子便是驱逐“隐秘恩典”一役。